Azərbaycanın Hərbi Dəniz Qüvvələri 1919-cu ilin avqustunda ingilislər Azərbaycanı tərk etdikdən sonra formalaşmağa başlayıb. Bu vaxta qədər Xəzər dənizinin qərb sahillərində müdafiəni ingilis hərbi gəmiləri təmin edirdi. Xəzər hərbi donanmasının gəmiləri isə Bakı azad olunarkən Port-Petrovsk limanına qaçırılıb və yalnız 1918-ci il noyabr ayında ingilislər Bakıya gəldikdən sonra geri qaytarılıb.

Yeni yaranmış Azərbaycan hərbi donanmasında yüksək rütbəli zabitlərdən yalnız “Ərdahan” və “Astrabad” gəmilərində xidmət edən dəniz xidməti kapitanı Həsən Çilingərzadə və 1-ci dərəcəli kapitan Gitançızadə azərbaycanlı idi. Hərbi Nazirlikdə donanma ilə məşğul olan bölmə olmadığından Xəzər hərbi donanması ilə bağlı məsələlərə Nəqliyyat Nazirliyində baxılırdı.1997-ci il 4 noyabr tarixli “Azərbaycan Respublikasının Hərbi Dəniz Bayraqları haqqında” Qanuna əsasən hərbi və köməkçi gəmilərdə qaldırılan bayraqlar haqqında əsasnamə qəbul edilib. 2000-ci il avqustun 7-dən etibarən Hərbi Dəniz Qüvvələrinin bütün gəmilərində Hərbi Dəniz Qüvvələrinin bayrağı qaldırılıb. 

1919-cu ilin sonlarında Baş qərargahın nəzdində 6 ştat vahidindən ibarət xüsusi hərbi dəniz şöbəsi yaradılıb. Ümumilikdə Azərbaycan Xəzər hərbi donanmasının tərkibində 75, 100 və 120 mm çaplı toplarla silahlanmış iki kanoner gəmisi – “Ərdahan” və “Kars”, “Astrabad”, “Göytəpə”, “Araz”, “Nargen” xidməti və köməkçi gəmiləri, “Oryol” nəqliyyat gəmisi, silahlı “Puşkin” paroxodu, həmçinin lazımi qədər kater var idi.

Hərbi donanma üçün kadrların hazırlanması məqsədilə Bakı Dəniz Aviasiyası məktəbinin bazasında Xüsusi hərbi-dəniz aviasiyası məktəbi, 1919-cu ilin oktyabrın 14-də isə dəniz aviasiyası dəstəsi yaradılıb.